(1) 直接對土壤養分有效性的影響
如左圖所示，圖中橫條分別代表不同的作物所需養分之有效性。橫條越粗，代表有效性越高；橫條越細，代表有效性越低。有效性係指作物根系可順利吸取養分的可能性，我們可概由下式表示
有效性=(根系可順利吸取某養分的量/土壤中某養分的全量)
太高或太低的pH都會造成養分有效性下滑，在左圖中，我們可以得知在pH5.5-6.0時，所有的養分有最佳的有效性，這也是絕大多數植物喜歡的根系土壤酸鹼值。
很遺憾地，台灣農地常見極端的土壤pH，我們可預見這類土壤上的作物很可能生長不良。許多農民發現作物因根系吸收不佳而生長不良時，他們可能未明究竟而斷言作物缺肥，但很少有農民發現他們的作物根系早巳被埋在肥料堆中，無福消受主人所準備的滿漢全席。農民的付出無法換得豐收的喜悅，還造成了土壤與作物的負擔。
土壤酸鹼值對植物營養有效性的影響主要肇因於各種作物養分随pH而變的形態與溶解度。土壤酸鹼值小於5.5時，溶解性的鐵、鋁及錳含量會增加，但是在植物的生理需求上並不需要太多的鐵．鋁及錳，因此會對植物造成毒害。在強酸性土壤的環境下．磷會與鐵及鋁結合成為不溶性的磷酸鐵及磷酸鋁沉澱化合物導致植物對磷的吸收困難。在強酸性土壤的環境下，土壤有機物很難釋放出植物所需要的氮、硫及磷等元素。酸鹼值太低時，表示土壤中鹽基性的陽離子如鉀．鈣及鎂等很容易流失．同時硼、鋅銅及鉬等元素也會欠缺。
(2) 對植物喜好的影響
不同植物因物種原生地的條件而演育出不同的pH喜好，如常見的高麗菜原生於高緯度富含鈣質的土壤，當我們在近赤道的台灣想種高麗菜，只能在冬天的平地或夏天的高山，甚至要補入石灰以克服鈣質不足的問題。
(3) 對根系微生物的影響
根系土壤pH會對其中的微生物活動產生抑制或促進的影響，例如pH≦3，細菌的活力明顯受抑制，而真菌卻更活躍，常令農人聞之色變的白紋羽病、褐根病等真菌病害都常見於嚴重酸化的土壤。當病原的菌絲侵入根系或維管組織，植物就很容易因養分與水分供應不足而生長不良或死亡。
土壤中的有益微生物如細菌、放線菌、固氮菌與硝化細菌等，在酸鹼值過低時活性會降低，因而影響許多土壤生化反應的速率。生長在土壤中的真菌．在酸性環境下活性會增加．而這些真菌往往是農作物病害的主要來源之一。
